Pepper absolvierte eine Ausbildung in Malerei bei Fernand Léger und André Lhote in Paris und studierte anschließend Werbegrafik, Fotografie und Industriedesign an der Art Students League of Brooklyn und ab 1940 an der Académie de la Grande Chaumière. Während ihres Aufenthalts in Italien lernte sie den Journalisten Curtis Bill Pepper, ihren späteren Ehemann, kennen und stellte 1952 erstmals in der Galleria dello Zodiaco in Rom aus, präsentiert von Carlo Levi. Beeinflusst von der Forma-Gruppe, pflegte sie Kontakte zu Achille Perilli, Pietro Consagra, Piero Dorazio und Giulio Turcato. Nach einer Reise nach Angkor Wat im Jahr 1960 wandte sie sich der Bildhauerei zu und schuf kleine Skulpturen aus Holz und Ton. Zwischen 1967 und 1969 experimentierte sie mit vernetzter Kunst und Umweltprojekten. Von 1971 bis 1975 realisierte sie ihr erstes großes Umweltprojekt in Dallas: den Dallas Land Canal und Hillside.
Pepper stellte 1961 erstmals als Bildhauerin in New York und Rom in der Galleria Pogliani aus, präsentiert von Giulio Carlo Argan. Anschließend nahm sie 1962 am Festival „Sculture nella Città“ in Spoleto teil. In den Italsider-Werkstätten in Piombino schuf sie danach mittelgroße und großformatige Werke und vollzog damit ihren Übergang zur Metallkunst. 1971 präsentierte sie ein Dutzend ihrer Edelstahlskulpturen auf der Piazza Margana in Rom, bevor sie 1972 an der 34. Biennale von Venedig teilnahm. Zu ihren Land-Art-Projekten zählen „Amphisculpture“ in New Jersey (1974–1976), die Documenta 6 in Kassel (1977) sowie zahlreiche öffentliche Installationen wie die „Todi Columns“, „Spazio Teatro Celle“, „Manhattan Sentinels“ in New York und „Broken Circle“ in Umbrien. 2014 stellte sie ihre Serie „Curvae“ im Ara Pacis Museum in Rom aus.
Zu ihren Auszeichnungen zählen der Allied Arts Award of Honor des American Institute of Architects (1999), der Alexander Calder Award, der Xavier College Preparatory Vision and Voice Award (1999), der Pratt Institute Legends Award (2003), der Pratt Alumni Award (2007) und der Lifetime Achievement Award des International Sculpture Center, USA (2013).
Seit 1964 arbeitet Beverly Pepper vorwiegend mit Cor-Ten-Stahl und erforscht dessen natürliche Transformationen, um einzigartige Skulpturen zu schaffen. Ihr Interesse an Industriematerialien und Naturlandschaften erinnert an Minimalismus und Land Art, obwohl sie sich nie einer dieser Bewegungen zugehörig fühlte. Ihre Werke wurden in New York und auf der Biennale in Venedig ausgestellt, und ihr Archiv befindet sich in den Frederik Meijer Gardens & Sculpture Park.